因为前列腺体表面有一层脂质包膜，大多数抗菌素很难透过包膜进入腺体内发挥作用，因此选择抗菌药物时应遵循如下原则：
(1)药物对细菌有较高的敏感性。
(2)选用的药物应以高脂溶性、高渗透力、与血浆蛋白结合率低、离解度高的药物为其标准。
(3)两种以上的药物联合使用。
(4)为使药物在前列腺间质中达到有效浓度及防治尿路感染的发生，应提倡超大剂量和超时限(1～3月)的用药法。
常用药物：
(1)复方新诺明 临床上过去常用此药。据报道，疗效欠佳，主要因为前列腺炎患者的前列腺液pH值增高(>8)，影响药物透入，前列腺内药物达不到杀菌浓度，故应长时间应用，以期前列腺液pH值逐渐下降而显效。
(2)红霉素+卡那霉素联用 红霉素有较强的穿透前列腺上皮的能力，且能在酸性环境中离解为非脂溶性状态，从而不返回血浆而在前列腺内保持较高药物浓度，此药对全部金黄色葡萄球菌、链球菌均高度敏感，但对革兰氏染色阴性杆菌无效。卡那霉素虽仅有少量进入前列腺，但对金葡菌、大肠杆菌均高度敏感，故有协同作用。
(3)利福平+TMP联用 其缺点为利福平对肝有毒性，故应定期检查肝功能。
(4)新型喹诺酮类 氟哌酸、环丙氟哌酸、氟嗪酸等。
(5)美满霉素
尽管长期使用上述抗生素，慢性前列腺炎的治疗失败率仍可达30%～40%。需要强调的是，现在泌尿科门诊性病患者明显增加，以淋球菌及支原体、衣原体单独或混合感染多见，所以性病后引起的前列腺炎用药应以头孢三嗪+红霉素类联合用药，且疗程至少2周。
